Компания «ФОТЕК» была создана в 1995 году группой инженеров, работавших в 70-х – начале 90-х годов XX века над созданием систем энергообеспечения космических кораблей, а позднее разрабатывавших аппараты для уникальных операций МНТК «Микрохирургии глаза» известного офтальмолога, профессора С.Н.Федорова.
В 2001 году компания ввела в строй собственное сборочное производство, а в 2003 году – механическое производство.
В 2009 году компанией «ФОТЕК» совместно с Уральской медицинской академией были организованы курсы усовершенствования врачей, впоследствии этот опыт был использован при создании подобных курсов с другими академиями.
В 2011 году система менеджмента качества предприятия была сертифицирована в соответствии с международными стандартами ISO 9001:2008, ISO 13485:2003.
В 2014 году был введен в эксплуатацию новый механообрабатывающий цех.
В 2017 году было подтверждено соответствие системы менеджмента качества предприятия требованиям стандартов ГОСТ Р ИСО 9001-2015 (ISO 9001:2015) и ГОСТ ISO 13485-2011 (ISO 13485:2003).
В 2020 году компания «ФОТЕК» успешно прошла все этапы сертификации оборудования на соответствие требованиям стандартов Европейского союза и получила СЕ сертификат. Именно СЕ сертификат признаётся гарантом качества медицинского оборудования в большинстве стран мира.